Carlos assumiu interinamente o cargo durante a viagem do governador Wilson Lima. O governador interino nomeou Mário Jumbo Miranda Aufiero para o cargo.
A exoneração de Bonates já está publicada no Diário Oficial. Os motivos para a exoneração de Bonates são o fato dele já ter sido alvo de investigações da Polícia Federal em 2015, além do caos vivido na segurança pública do Estado com os ataques de facções no mês de junho.
Ainda no documento de exoneração, o governador interino afirma que equipamentos de uso exclusivo da Secretária de Segurança, como grampos telefônicos, estavam sendo utilizados para possíveis crimes.
Outro fator que motivou a exoneração foi a recente operação da PF, “Garimpo Urbano”, que prendeu o Secretário de Inteligência, Samir Freire, e policiais por suspeita de usar a estrutura da secretaria para roubar ouro transportados entre o Amazonas e o Pará.